ในปี พ.ศ. 2566 มหาวิทยาลัยศิลปากรมีปริมาณขยะรวม 669.94 ตัน ประกอบด้วยขยะส่งกำจัด รวม 265.80 ตัน โดยรถบรรทุกขยะของเทศบาลนครนครปฐมจะเข้ามาจัดเก็บขยะที่จุดพักขยะสัปดาห์ละ 3 ครั้ง ซึ่งขยะเหล่านี้จะถูกนำไปกำจัดหรือรีไซเคิลในสถานที่ที่เทศบาลนครปฐมจัดเตรียมไว้ และขยะอินทรีย์จำนวน 404.14 ตัน เนื่องจากมหาวิทยาลัยมีพื้นที่สวนและต้นไม้จำนวนมากโดยรอบวิทยาเขต ทำให้เกิดขยะอินทรีย์จากการตัดแต่งต้นไม้ ตัดหญ้า และเก็บกวาดใบไม้จำนวนมาก ซึ่งขยะอินทรีย์เหล่านี้สามารถย่อยสลายได้ตามธรรมชาติ มหาวิทยาลัยจึงนำขยะอินทรีย์ดังกล่าวมาเข้าเครื่องสับย่อยเพื่อลดขนาดและเร่งการย่อยสลาย เพื่อนำมาใช้เป็นปุ๋ยสำหรับปรับปรุงและบำรุงดิน เพิ่มธาตุอาหารให้กับพืช โดยเป็นการลดปริมาณขยะอินทรีย์และส่งเสริมการใช้ทรัพยากรอย่างยั่งยืน